Τα αποτελεσματικά φάρμακα για την προστατίτιδα συνταγογραφούνται από τον γιατρό ανάλογα με τη σοβαρότητα των συμπτωμάτων, τον βαθμό παθολογίας και τα αποτελέσματα των εξετάσεων. Αντιβακτηριδιακοί παράγοντες, αναισθητικά, άλφα-αναστολείς, μυοχαλαρωτικά, αγγειοπροστατευτικά, φυτικά φάρμακα και βιταμίνες για την προστατίτιδα.